L'antica chiesa con annesso il convento è stata fondata dallo stesso San Francesco nel 1222 ed intitolata a Sant'Angelo.

Nel 1506 un Breve di Giulio Il stabilì che lo slargo antistante l'ingresso alla chiesa fosse ampliato, con l'abbattimento di una serie di case dislocate a ridosso della stessa, vietando, pena la scomunica, di costruire ulteriori edifici.

La Chiesa, dopo decenni di chiusura a causa dei danni riportati dai bombardamenti del secondo conflitto mondiale, è stata oggetto di un lungo intervento di restauro e restituita ai fedeli ed ai turisti. Interessanti sono gli elementi architettonici dello stile romanico quali la volta a crociera con nervature, la travatura della navata centrale l'altare maggiore ed il tipico campanile a vela.

Il 23 aprile 1836 il vescovo ANSELMO BASILICI (1769 -1840) inaugura il ricostruito cenobio della Confraternita dei Penitenti presso la chiesa di S. Francesco a Sutri. Una lapide dipinta, posta dentro la chiesa medesima, peraltro dimenticata e scolorita, ricorda l'evento.

Essa recita:
MCCXXII . IV . ANTE . OBITVM . S.FRANCISCI . ASSISIEN.(SIS) ECCLESIAM . S.FAMILIAM . REIMM . EREXIT ALEXANDER . PP . IV V . IDI . MAII . IND (icit) . X. MCCLV S.ANGELO . DE . RIPVLA . COMMENDAVIT SUTRINORUM . LARGITATE . & . PONTIFICUM IVLII . II . LEONIS . X MUNERIBUS . AMPLIATA . PRIVILEGIIS . DECORA(TA) S.FRANCISCI . NOMEN T(IT)VLIT . RETINEREQVE DEHINDE AVSPICE . GREGORIO . XVI . P.M. ANSELMUS . BASILICI . ANTISTES COMMUNI . AERE . REHEREXIT CENOBIO SOCIETATI . POENITENTIVM . IN . D……..MEVIT IX . KAL . MAIAS . MDCCCXXXVI
Una traduzione plausibile potrebbe essere:
Nel 1222, quattro anni prima della morte di S. Francesco di Assisi si eresse questa Chiesa dedicata alla S. Famiglia. Alessandro IV (1254 – 1261) l'11 maggio 1255 la dedicò a S. Angelo, detto di Ripetta. Attraverso la generosità dei Sutrini e dei Pontefici Giulio II e Leone X venne dotata, ampliata, arricchita di privilegi e intitolata al nome di S. Francesco. Infine Auspice il Papa Gregorio XVI Il vescovo Anselmo Basilici, con pubblico denaro, la rieresse a cenobio per la Confraternita dei Penitenti ………. Il giorno 23 aprile 1836

la Chiesa di San Francesco di Sutri è contemplata nell'elenco del F.E.C (Fondo Edifici di Culto) che è amministrato dal Ministero dell'Interno per mezzo della Direzione Centrale per l'Amministrazione del Fondo Edifici di Culto e dalle Prefetture in sede periferica. La Prefettura, quindi, cura tutti gli aspetti tecnico -amministrativo -finanziari connessi con la gestione dei beni del F.E.C. presenti in provincia. Il patrimonio del Fondo Edifici di Culto è costituito da beni di varia natura, principalmente da edifici sacri. Compito del Fondo è di conservare le Chiese aperte al culto, insieme al patrimonio in esse custodito, affidandole in uso all'autorità religiosa e di assicurarne il restauro e la conservazione. Tali edifici, circa 700, sono dislocati su tutto il territorio nazionale .

Rilevante è il ruolo di questa chiesa nel panorama culturale, oltre che religioso, in quanto ospita vari eventi, tra cui il più significativo il Beethoven Festival di Sutri con concerti e masterclass di perfezionamento